主条目：清华大学校史
清华学堂时期
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咸丰帝御笔清华园匾额位于工字厅正门
1909年游美学务处第一期留美生
清华大学源于辛丑条约约定的庚子赔款。1904至1905年（光绪三十年至三十一年），大清驻美公使梁诚在与美国国务卿海约翰商议以黄金还是白银为准还款时，得知美国政府认为赔款已超过美国应得到的部分，索要过多。梁诚得知后，几番据理力争要求美国退回[61]，几经游说之后，1908年12月28日，美国总统老罗斯福决定返还赔款基数定为一千余万美元，逐年退还。赔款用于人才培养和赴美留学[20][62]。
1909年（宣统元年），美国开始退还庚款。为统筹考核留学生，外务部与学部上奏设立“游美学务处”并附设“肄业馆”。7月17日（六月初一）游美学务处正式建立[注 2]，后任命外务部署左丞、左参议兼学部丞参上行走周自齐担任总办，学部员外郎范源濂和外务部候补主事唐国安，驻美公使馆参赞容揆任驻美学生监督，三年间共组织三批近200人赴美留学。[63]
外务部选定清华园后，修缮工字厅、建造校门、一院、二院、三院、同方部、北院、校医院，1911年竣工，校园占地450亩。[63][64]1911年2月，肄业馆改称“清华学堂”，由军机大臣那桐题写校名[65]，总办周自齐兼任监督，会办范源濂、唐国安兼任副监督。3月30日（三月初一）暂行开学仪式（中等科），4月1日高等科开学，教师多从美国聘请，游美学务处也迁入工字厅办公[62][66]。10月，武昌起义爆发，清政府挪用退还赔款弥补军费，学堂经费断绝，原定正式开学仪式取消，11月9日正式停课[62][66]。1912年5月1日复课[67]。
清华学校时期
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国立清华大学大门（今二校门）
清华大学西区体育馆
1925年，国学研究院教授合影
国耻纪念会誓词
1912年中华民国成立后，裁撤游美学务处，学堂改名为清华学校，分中等科四年、高等科四年共计八年学制。唐国安为第一任校长，周诒春为教务长，在校生约500人，教员30余人，以“培植全材，增进国力”为宗旨培养“领袖人才”[62]。1913年春，近春园、长春园东南隅[68]、水磨村部分地段并入清华大学[69][70][71]。1914年10月，美国建筑师墨菲与丹纳（英语：Richard Henry Dana Jr.）为学校规划校园，布置留美预备学校和综合大学。1916年至1920年，建成图书馆、体育馆、科学馆、大礼堂等早期建筑[20]。此期间，经费充足、园林优美，学习环境十分理想。学校强调体育锻炼和强健体魄，设立体操课，午后“强迫运动”，开办童子军训练和军事训练（兵操）[72]；参加菲律宾第一届远东运动会；清华、协和、汇文合办的“三角运动会”为北京最早校际大赛[73][74]。
1914年11月5日，时任参政院参政梁启超先生在清华学校同方部作的题为“君子”演讲，引述易经中两个象辞“天行健，君子以自强不息”及“地势坤，君子以厚德载物”，对清华学子给予厚望。后来“自强不息、厚德载物”被定为校训[75]。
1913年3月初，唐国安校长病逝，周诒春继任，任内勤勉，增加设备建筑，扩充留美名额，于1918年1月辞职。此后因受到政局变化以及学生反对，直到1931年校长更迭频繁，史称“清华校长更迭风波”[76]。早期先后有范源濂（美国驻华公使反对）、赵国材（代理）、张煜全（被迫辞职）、罗忠诒（学生拒绝）、严鹤龄（代理）、金邦正（离校赴美）、曹云祥（代理）被任命校长[77]。
1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，将清华从中等留美预备学校改办为综合性大学，办学目的也从从派遣留学逐步转为培养本国人才[78]，1925年春成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师[79]。1925年5月成立大学部，始创四年制本科教育，开始招收大学一年级生，称为新制生，而留美预备部学生为旧制生[20][62][63][80][81]，之后清华学校由留美预备部、大学部、国学研究院三个部分组成，并逐步向综合性大学过渡。至1926年，大学部共成立17个学系，包含中国文学系、西洋文学系、历史学系、经济学系、教育心理学系、物理学系、工程学系、体育学系、音乐系等。[82]至此，清华改办大学的初步框架形成[76]。
清华学校的课程、教材等均仿照“美国学堂”，许多教师来自美国。1911年2月，共有17名美籍教师在清华执教，是清华第一批外籍教师，并承担大部分教学工作。外籍教师在清华主导教学工作，一直到大学部创立，许多清华留美生返校服务，中国教师才逐步取代外籍教师的优势地位，成为教师队伍的主角[75]。清华学校的体育、兵操、课外活动等大多模仿美国学校；学校的行政组织形式，比如董事会、评议会、教授会等，也是仿照美国。英语是校内通用语言文字[75]。英国哲学家罗素访问清华时表示：“清华学校恰像一个由美国移植到中国来的大学校”[83]。
1919年5月4日，五四运动爆发，北京城内十多所学校示威游行。清华学生组织演讲、会见公使、致电巴黎和会。9日，校内挂半旗，全体同学在体育馆举行“国耻纪念会”，并焚烧校内日货。共同宣誓“愿牺牲生命，以保护中华民国人民、土地、主权”[84][85]。“五四”运动后，更多新思潮涌入清华，促进了清华学生的觉醒[86]。1926年3月13日，举行纪念孙中山逝世周年大会，李大钊、陈毅来校演讲。3月18日，北京民众为反日本入侵游行请愿，遭段祺瑞政府打压，开枪扫射学生，是为三·一八惨案[87]，其中清华学生韦杰三牺牲[88]。1927年6月，国学大师王国维忧愤国事，于北京昆明湖自杀，震惊全国[89]。梁启超亦因病离校就医。同月教务长张彭春遭反对势力攻击而辞职，校园爆发“挽张去恶”风潮，学生游行要求改造清华[90]，曹云祥校长被迫接受“教授治校”的治校原则[91][92]。
国立清华大学初期
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清华大学校长梅贻琦
中国第一个航空风洞
1928年，南京国民政府取代北洋政府掌控北京后，任命孙科为清华校长，被孙科婉拒。国民政府遂改派罗家伦为校长，将学校易名为“国立清华大学”。罗家伦于校长就职演讲中，提出要四化办学（廉洁化、学术化、平民化、纪律化），并实行军营化管理，遭学校师生拒绝[93]。任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改，[94]延请蒋廷黻、张奚若、萧公权、冯友兰、张子高等几十位著名教授[95]。1929年4月，罗家伦因查出清华基金账目亏空，要求改革，与清华大学董事会发生矛盾，提出辞职。同月，清华大学师生发起解散董事会，回归教育部管辖运动。5月，清华重归教育部管辖；6月，清华大学董事会解散，清华基金改由中华教育文教基金会保管。成立研究院，先办文法两科，次办理工农科[95]。1929年6月21日，学校在大礼堂举办最后一届留美预备部、国学研究院以及第一届大学部学生毕业典礼[96]，留美预备部与国学研究院在此年停办[97]。
1930年5月，中原大战爆发，蒋介石在北方失势，北平落入阎锡山之手，校内亲阎锡山势力酝酿“倒罗运动”，再加上罗家伦长期与学校师生意见不合[98]，5月20日请辞离去。阎锡山指派同为山西人的清华校友乔万选为清华校长，但是遭到清华师生以反对军阀力量把持校政为由，拒绝乔万选。6月25日，乔万选企图以武力接收清华，遭学生阻挡，并签下“永不任清华校长”承诺书。清华校务暂由校务会议维持，清华进入长达十至十一月的无校长时期[90][99]。1931年4月，教育部任命吴南轩为校长，然而吴南轩擅自解聘教授，任用私人，携印入城[90]，断绝学校资金并暗示武力解决，引起全校师生不满，学生护校委员会和教授会迫使教育部将其撤职[100]。
1931年10月14日，梅贻琦被任命为校长，12月3日，在校长就职典礼上提出“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也”的理念，此理念对清华有着深远的影响[20][62][101]。梅贻琦担任清华校长长达17年，为清华最久任的校长，且对学校建设贡献巨大，确定了清华著名学府地位[102]，被称为清华永远的校长[80]。
此时期，梅贻琦大力延聘名师，让此时的清华园名师云集，如文学院的冯友兰、朱自清、闻一多、陈寅恪、吴宓、金岳霖等；理学院的叶企孙、吴有训、周培源、陈省身、杨武之、黄子卿等；法学院有陈岱孙；工学院有顾毓琇、施嘉炀、刘仙洲、章名涛、任之恭等，体育部还有著名体育教育学家马约翰。在治校理念上，确立“民主治校原则”，也称为“教授治校”，清华的教授会、评议会、校务会以及各种专门委员会，多由教授担任，让教授能积极参与学校事务[103]。
这些学术大师在清华创造出许多研究成果。在自然科学方面，熊庆来的熊氏无穷数[104]、孙光远对微分几何的研究、吴有训对X射线的研究[105]、赵忠尧对γ射线散射的研究[106]、周培源对流体力学湍流的研究、黄子卿在等张比容测定的研究等，在当时都是中国一流研究[107]；在工程方面，机械系教授王士倬建造中国第一座航空风洞；人文方面，朱自清的散文、闻一多在《诗经》、《楚辞》的研究、俞平伯关于《红楼梦》的研究、王力在声韵学、训诂学的研究等，在学术界影响深远[103]。
告全国民众书
维基文库中的相关原始文献：清华大学救国会告全国民众书
1935年秋天，在日军危及华北之时，部分清华学生成立学生自治会救国委员会[108]，学生蒋南翔草拟《告全国民众书》[109]，喊出：“华北之大，已经安放不得一张平静的书桌了！”[84][110]1935年12月9日，一二·九运动爆发，清华大批学生参加运动，高呼“打倒日本帝国主义”、“停止内战、一致抗日”等口号。[111][112]12月16日，更大规模游行展开。次日，美国《纽约先驱论坛报》头版头条刊登报道：“5000中国人奋起反对日本统治，警察击倒60——北平学生被打，‘贞德’被捕”，其中将清华女学生陆璀誉为“中国的贞德”[84][113]。
1936年，因日本侵华战争，学校于长沙岳麓山兴建校舍，并将学校珍贵图书器材南迁，同时决定筹办特种研究所。2月19日，参予学生运动的救国会与学校教授会为了上学期期末考试补考问题发生对立，教授集体辞职。22日，由学生会与用功读书学生组成之护校团发起挽留教授。23日，梅贻琦自南京回校，处分救国会带头分子，并慰留所有教授。29日，冀察政务委员长宋哲元派兵进入校园逮捕二十一名左派学运学生，后经校方多方奔走，获得保释。12月，西安事变爆发，校园左右派学生对立。28日，由潘光旦教务长宣布解散校园一切学生运动[90]。
抗战时期
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国立西南联合大学校门
1937年发生七七事变，抗日战争全面爆发。8月5日，日军即占领清华园。9月10日，清华大学奉令与北京大学、南开大学在长沙组建国立长沙临时大学。10月25日，临大开学，共有文、理、工、法商等四院十七系，文学院另于南岳上课。1938年1月，因战争吃紧，决议搬迁至昆明，临大组织师生分三路艰难到达昆明，校名改为国立西南联合大学，梅贻琦任设常务委员会主席[114]。5月4日，联大开课，三校师生在条件极其艰苦的情况下开展教学、科研工作[注 3][115][116][117]。1939年因战局吃紧，政府宣布停付庚款。清华农业、航空、无线电、金属、社会调查五研究所自行设法维持。8月，清华决定恢复文科研究所，设中文、外文、历史、哲学四部[118]。1940年，因联大校园屡遭日军轰炸，教育部命联大迁川。8月，联大决定于四川叙永设立分校，命一年级及先修班新生前往上课。11月，为了培养大后方中小学教师，联大成立师院附设学校。[118]1941年1月，叙永分校开始上课。4月，清华大学成立卅年，师生于昆明举行纪念会，出版学报纪念专刊。8月，叙永分校结束运作，学生返回昆明。10月，文科研究所于昆明东郊龙泉镇司家营成立，由冯友兰教授出任校长。11月，与盟军合作于昆明成立译员训练班，并成立师范学院初级部。[118]联大期间，学生参与青年从军运动，应征飞虎队翻译、入缅作战、参加印度远征军[119]。
联大期间，清华单独设立昆明办事处、研究院、特种研究所。研究院自1939年起逐渐恢复，设有文科、理科、法科3个研究所共12个学部，招收研究生。特种研究所依靠庚款基金利息，拥有农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所，服务军事研究，研制军用飞机、军事通信（英语：Military communications），研制出中国第一个电子管。抗战胜利后，各研究所并入相关各系[117][119][120]。
战争中，清华园遭到严重破坏，建筑物40%以上损坏，各类设备全部损坏，未南迁图书八成被损。1937年夏，清华园陷落后，少量留守教职工成立清华大学保管委员会保护学校。1939年春，日军野战医院152病院进驻清华园。占领期间，以各系馆为伤病住房，以图书馆为治疗室、手术室，以体育馆为马厩，以新南院为妓馆，杀害留守教职工[121]。
国立清华大学复员时期
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国立西南联合大学有关三校复校的布告
1945年日本投降后，学校开始修缮清华园。次年联大结束，三校复员。清华在战争伤痕下努力恢复发展，1946年2月，部分系所勉强于北平清华园重新复课[122]。5月4日，西南联大结束，学生依志愿分发，入清华者932人，入北大者644人，入南开者65人。三校于昆明立碑纪念八年之艰苦合作。师生陆续北返，只留下师范学院改为国立昆明师范学院。7月，清华中文系教授闻一多遭国民党特务刺杀，昆明发生学潮，梅校长赴滇解决。10月10日，正式于清华园上课，收集补充图书仪器设备，并招考新生。[118]1948年，清华大学扩充农学、气象学、法学、航空工程等院系[123][124]。同年11月24日，在中国人民解放军进攻下，国民政府教育部督学前来谈迁校事宜，并接走清华5位教师[125]。12月13日，解放军进军至西郊，绕开圆明园和清华、燕大，占领丰台。中共中央主席、中共中央军委主席毛泽东指示保护清华、燕京等校。解放军与国军战于学校墙外，不久后国军退守城内。15日，解放军进驻海淀镇，清华园成为最早被解放军占领并宣告解放的国立大学[126]。12月18日，解放军第13兵团政治部张贴布告宣布严加保护学校，阻止抢掠[127][128]。梅贻琦校长于12月14日因公入城，留在城内，后于21日乘飞机前往南京。12月17日，校务会议推举冯友兰为临时主席，代理主持校务[128][129]。
中华人民共和国建国初期
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参见：国立清华大学
1952年院系调整
1949年1月10日，北平市军管会接管清华，5月4日，成立以叶企孙为主席的校务委员会，主持校务。国立清华大学时任校长梅贻琦赴欧洲，后往纽约。1955年，梅贻琦在中华民国台湾省新竹市主持国立清华大学在台复校。1990年代以来，台湾国立清华大学和北京清华大学交往频繁，有“一笔写不出两个清华”的说法[128][130][131][132]，美国许多地区的清华校友会同时为北京清华和新竹清华校友服务[133][134][135][136]。
1950年6月，营建系主任梁思成为新成立的中华人民共和国设计新国徽[127]。1952年，中国高等教育体系仿照苏联社会主义模式进行院系调整，清华法、文、理、农、航空和工学部分院系划归北京大学、北京农业大学、北京航空学院等校，北京大学等校部分工学专业划归清华。清华大学从一所全科目综合类大学变成仅有八个工程系的工程技术大学[137]。这一强制改革把人文教育赶出校园对清华发展造成很大程度的伤害[138]，同一时候的三反五反开始控制教授们思想和学术自由[139]。
60年代的实验核子反应堆
1953年起，清华着手进行以“学习苏联先进教育经验”为蓝本的教学改革，按计划培养技术人才，从学分制转为学年制，学制延长到6年，建立严格统一的教学大纲，翻译大量苏联教材，加强基础科目，聘请苏联专家，学者教授[140]。1955年后，增设实验核物理、放射性稀有元素工艺学等当时的尖端技术专业，以为工业和国防现代化，尤其是核武器计划储备和培训人才[141]。1958年后，开展教育领域“大跃进”[注 4][142]。实行教育与生产劳动相结合、勤工俭学、教育支援农业，清华师生承担了密云水库、中国革命历史博物馆等实践工作，前往上庄公社等地区参加农业、水利、机械等工作[140][143]。
1957年至1958年春的反右斗争中，清华571人被划右派。[142]清华逐渐形成“又红又专”（政治上忠诚，学术上优秀）的特色，从1953年起率先实行“政治辅导员”制度，让优秀学生党员“双肩挑”（专业学习和政治工作），延续至今。当时的清华被称为“红色工程师的摇篮”。[144]1957年11月29日，蒋南翔校长提出“争取健康地为祖国工作五十年”口号，使得清华学生在德智体全面发展[145]，并激励清华人至今。在马约翰等优秀体育教师带领下，1954年成立体育代表队[146]，在北京市高校运动会上连夺6次男子团体第一和5次女子团体第一[144]。
共和国初期，学校校园不断扩大，原贯穿校园的京张铁路东移800米至今五道口处[147]。新建中央主楼、西主楼、东主楼、工程物理系馆、精密仪器系馆（9003大楼）、各类实验室和校办工厂。在昌平新建原子能研究基地（今清华大学核能与新能源技术研究院）[148]。
文化大革命时期
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主条目：清华大学文革历史
正在被拉倒的二校门[149]
清华附中是文革红卫兵激进学生运动的发源地[150]。1966年5月29日晚，一些对旧教育制度不满的清华附中学生，讨论北大聂元梓等七人所贴的大字报，其中一位学生提议以红卫兵为名字写大字报，受到其他同学的赞同，中国第一个红卫兵组织诞生[151]。1966年6月2日，清华大学附属中学红卫兵贴出大字报并在同年8月2号得到中共中央主席毛泽东回信支持。红卫兵开始“破四旧”、“大串联”，将运动推向全国[152]。
1966年6月8日[注 5]，工作组进驻清华，将各级干部打为“走资派”、“反动学术权威”、“牛鬼蛇神”，13日工作组停止校长蒋南翔的工作并接管清华，批评并压制以蒯大富为首的造反学生[153][154]。7月，毛泽东回京，形式扭转，不久工作组撤回[155]。1966年8月24日，二校门被红卫兵拉倒，并于次年建立全国第一座大型毛主席塑像[152][156][157]。1966年12月19日，经“无产阶级司令部”授意，一统清华“文革”的井冈山兵团成立，蒯大富为第一把手。12月25日，5000多师生开展“反刘少奇、邓小平”游行，即“一二·二五大行动”[155]。1967年4月10日，召开旨在揭露刘少奇的“批斗王光美万人大会”[155][158][159]。1967年4月14日，因对文革一系列重大问题存在分歧，井冈山兵团分裂为“兵团总部”（“团派”）和“四一四串联队”（“414派”或“四派”），矛盾日益激烈。5月29日晚，“414派”成立“清华大学井冈山四一四总部”，与“团派”正式对立。“团派”属极端造反派，“414派”属造反派中的保守派[160][161]。1968年3月，“杨、余、傅事件”后，两派矛盾膨胀，引发清华大学百日大武斗，是北京最为严重的武斗事件[162]，致使18人死亡，1100多人受伤，30多人终身残疾，直接经济损失1000余万元人民币[155][163][164]，全校1万多名师生纷纷逃离清华[165]。1968年7月27日，中共中央派出工宣队进驻清华。“团派”袭击工宣队工人，导致5人被杀、731人受伤，震动北京城，史称“七·二七事件”，直接导致毛泽东终止全国群众武斗[162][166][167]。
1968年底，为“清理阶级队伍”，工宣队进行“人人排队、层层摸底”的高压运动，造成非正常死亡约16人[注 6][168]。工宣队被作为北京“六厂二校”典范推广全国。1969年，在江西南昌鲤鱼洲建立试验农场，上千教职工感染血吸虫病，实行“劳动改造”和“思想批判”[注 7][152][167][169]。直到1976年，工宣队以学军、学农、学工方式来“再教育”和“改造”学生和教职工，采用“两个估计”政策对待知识分子[注 8][170][171]。
1975年，邓小平主持工作后，清华党委副书记刘冰等人写信给毛泽东，斥责清华一二把手迟群、谢静宜飞扬跋扈。这被毛泽东看做“文革”翻案，加以批评，后演变为“教育革命大辩论”[155][172]。12月，演变为全国性“批邓、反击右倾翻案风”运动，数十万群众和机关干部前来清华“学习”、“参观”，教学工作瘫痪，贴出十万多份大字报[155][173][174]。1976年10月，“四人帮”倒台。16日，中共北京市委整顿学校。次年4月29日，刘达任党委书记兼革委会主任，开始整顿领导班子、纠正冤假错案、改善教职工队伍结构，不久后取消革委会[175]。
改革开放初期
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邓小平听取清华大学情况汇报纪录
1978年2月，恢复高考之后招收的800多名新生到校。6月23日，邓小平听取清华大学情况汇报，并指示办重点学校、扩大学校规模[176]。1979年，制定五年制教学计划，更重视基础训练，增加选修课。1981年9月，正式实施计划培养与按学分累计成绩的方法。学校迅速恢复教学、科研能力，1978年恢复招收硕士研究生，1980年开始招收博士研究生，到1982年，在校学生数量超过8800人[175]。1978年-1982年，学校获得各级科技奖、专利奖250项，一批科研项目获得成功，如：新型焊接电弧控制法、紫外曝光精缩机、大规模集成电路、数字式电可控频率捷变系统、20万千瓦大型发电机组电子计算机模拟系统[175]。
“从我做起，从现在做起”口号墙
1979年5月，化72班团支部综合意见提出“从我做起，从现在做起，为社会主义现代化建设多做贡献”的口号。1980年4月17日的《人民日报》转载化72班口号相关文章；1981年3月20日的《中国青年报》第三次发表社论《为社会主义祖国前途而奋斗是当代青年最崇高的使命和荣誉——从我做起，从现在做起》，介绍化72班事迹。这句口号迅速被传遍全国[177][178]。
清华大学二校门
1981年10月，校长工作会议决定清华英文译名为“Tsinghua University”[52]。1982年7月，第六次党代会明确办学指导方针为“一个根本、两个中心、三方面结合”。即：学校的根本任务是培养人；学校即是教育中心，又是科学研究中心；教学、科研、生产开发及社会实践相结合。学校的重心逐步从“阶级斗争”转移到教学、科研中[179]。1985年8月，第七次党代会，第一次明确提出建设世界一流大学目标：“从现在起的十年，是把清华大学逐步建设成为世界第一流的、具有中国特色的社会主义大学的重要发展阶段。”[180]
学校陆续撤销绵阳分校、水利系三门峡基地、团河农场、西山林场，并逐步确定“理工结合，文理渗透”的发展策略，逐步增设众多理科、文科、管理学科等类院系[180][181]。理科方面，1979年成立应用数学系、1982年6月恢复物理系、1984年6月成立生物科学与技术系、1985年10月恢复化学系、1985年12月恢复理学院建制，周光召兼任院长；人文社科方面，1983年7月恢复外语系、1984年4月建立社会科学系、1985年3月恢复中国语言文学系；管理学科方面：1979年成立经济管理工程系；1984年扩建为经济管理学院，朱镕基任院长。其他方面，1984年建立研究生院、1985年成立中国第一个继续教育学院[182]。
1986年12月23日晚6时30分，部分学生因民主主张在大礼堂前聚会，两三千人围观，8时20分左右，近千人出西门进入北大、人大游行。次日，学校广播指出学生行为“是一件严重的错误事件”。26日，北京市出台《北京市关于游行示威的暂行规定》，限定游行流程、秩序。29日，北师大部分学生游行进入人大、清华、北大鼓动游行[183][184][185]。
应校友的要求，校方决定拆除毛泽东像，但同时决定在主楼大厅北墙上建立永久性的毛泽东青铜浮雕像[注 9]，以缅怀毛泽东。1987年8月26日，毛泽东浮雕像揭幕[186]，8月29日，拆除位于原二校门位置的毛主席塑像。1990年3月底，校友会决定校友集资重建二校门，并于1991年80周年校庆前重建完成[157][183]。
1989年4月15日，前中共中央总书记胡耀邦去世，校内出现挽联、标语及大字报。23日，3000余人集会成立“清华大学和平请愿组织委员会”，24日起罢课。24日，和平请愿组织委员会提出与国务院负责人对话，但最终未赴约。26日，《人民日报》发布社论《必须旗帜鲜明地反对动乱》，学校申明“不赞成罢课”。27日，大量学生出校参与四二七大游行，后得到市民、教职工、报纸的客观认可。5月4日，约1000人参加高自联五四大游行，并宣布高校复课。13日，部分清华学生参加广场绝食[187]。5月20日，国务院宣布北京戒严[188]，28日，学生参加高自联组织的“全球华人大游行”。6月4日凌晨戒严清场后，学生开始撤离[189]，凌晨3时起，学校派车前往各医院查找，最终查明清华学生在复兴门等处死亡4人[190][191]，受伤19人[注 10][192][193][194]。5日，清华下半旗，部分教授、市民参与悼念。7日，校方安排复课。21日，校方要求“高自联”、“工自联”、“筹委会”、“清华人之声”广播台等骨干主动向公安交代情况[183][195][196]。
7月10日，校党委召开全校清查清理工作会议。8月1日起，学校在清华核研院召开党政干部会议，学习中共十三届四中全会精神，对此次风波进行反思，之后组织全校师生进行学习。9月22日，清华大礼堂举行平息风波戒严部队英模事迹报告会。1990年开展党员重新登记试点[注 11][183]。
建设世界一流大学前期
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第一个九年（1994—2002年）
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清华科技园
逸夫图书馆
逸夫科技楼
环境节能楼
1990年代是清华建设建设世界一流大学的关键时期[197]，“211工程”的制定开启建设世界一流大学的序幕，为清华发展带来极大动力[179][198]。
1993年2月，中共中央、国务院颁布《中国教育改革和发展纲要》[199]，8月23日，暑期党政干部会上，学校提出：“到2011年，清华大学建校100周年，争取把清华大学建成世界第一流的、具有中国特色的社会主义大学”[179]。1994年，学校制定《清华大学“211工程”整体规划》[200]，1996年9月开始实施，总投资4.6亿元[201]。1995年3月，学校开始制定“九五”事业发展规划，建设目标确定为：“到2000年，清华大学将在人才培养、学科建设、科学研究、管理方面成为国际著名的、处于亚洲前列的大学，部分学科接近或达到世界一流大学的水平，为实现学校总的奋斗目标奠定全面而坚实的基础。”[179][202][203]。
1998年5月，江泽民总书记提出建设若干所具有世界先进水平的一流大学目标，国家开始实施“985工程”。8月，清华最终制定《清华大学创建世界一流大学规划（1999-2001）》，即“985”计划，并于2003年通过一期验收[204]。
为了迈向世界一流大学，清华进行部分院系调整。1993年12月恢复人文社会科学学院建制；1994年整合建立信息学院；1996年整合建立机械工程学院；1999年恢复法学院；1999年并入原中央工艺美术学院为美术学院；2000年整合建立土木水利学院建制，同年建立公共管理学院[4][181]；2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立，成为清华第一个异地办学实体[205]；2001年建立医学院，同年工业工程专业从精密仪器系分离出来建立工业工程系；2002年建立新闻与传播学院。[4][181][206][207]
科研方面，1999年9月18日，中共中央、国务院、中央军委召开表彰为研制“两弹一星”作出突出贡献的科技专家大会，授予为“两弹一星”事业作出突出贡献的23名科技专家“两弹一星功勋奖章”，其中14位专家曾在清华学习或工作过[注 12][208][209]。
2001年4月29日是清华大学90周年校庆日，海峡两岸的北京清华和新竹清华首次合办校庆。4月22日，北京清华校长王大中率团访问台湾，26日，新竹清华校长刘炯朗率团访问北京。此外，两校之间还举行学生排球友谊赛等诸多庆祝活动[210]。清华的九十周年建校大会在新建成的综合体育馆举行，中共中央总书记、国家主席江泽民、国务院总理朱镕基、中央书记处书记胡锦涛等党和国家领导人出席，海内外及兄弟院校领导、有紧密联系的国内外企业代表、输送优秀生源的中学校长，以及最早为1931年毕业的各级校友出席。江泽民发表讲话，激励青年学子创造时代业绩，建设世界一流大学是中国综合国力的重要体现[211]。
第二个九年（2003—2011年）
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2003年初，清华明确“三个九年，分三步走”总体战略，即1994年至2002年，调整结构，初步向综合性研究型大学过渡；2003年至2011年，重点突破，跻身世界一流大学行列；2012年至2020年，整体推进，在总体上达到世界一流大学水平。最终到2050年中国基本实现现代化，争取达到或接近世界著名一流大学的水平[179]。
2003年以来，为了迈向世界一流大学，清华继续进行部分院系调整。2004年在工程力学系、宇航技术研究中心等基础上建立航天航空学院；2006年，与中国协和医科大学紧密合作办学[206]，成立北京协和医学院—清华大学医学部[207]；2008年恢复心理学系，同年成立马克思主义学院，邢贲思任院长；2009年成立教育研究院和生命科学学院，同年复建清华国学研究院，由著名哲学家陈来任院长[4][181]。2011年，成立环境学院。[212]
科技方面，清华开展科研攻关，例如在2003年的非典期间，清华实行封校措施，取消校庆活动，严密控制出校、返校人员，保证师生教学科研安全[213]。同时全校科研机构开展紧急非典科研攻关，生物系饶子和教授领导实验室研究“非典”冠状病毒全基因组蛋白质及相关多肽的大规模表达[214]，环境系、清华同方、深圳清华大学研究院等开展医院垃圾无害化处理[215]和红外线快速体温检测仪器研制生产，并大规模投入使用[216]。清华同方还为附中、附小建设网络教育平台，并对外免费开放远程教育[217]。
然而清华在建设一流大学的同时，也遇到一些困境[218]。学科建设方面，人文学科规模不大，医学部分一直无法与协和合并[219]；青年教师住房问题长期无法妥善解决[220][221]；2005年的水木清华BBS事件让学生与校方严重对立[222][223][224][225]，最终学生在校外创办水木社区（“新水”，与校方“旧水”对应）[226][注 13]。
建设世界一流大学第三个九年与百年校庆
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根据清华明确的“三个九年，分三步走”总体战略，2012年至2020年是清华大学建设世界一流大学的第三个九年，战略提出清华大学应整体推进，在总体上达到世界一流大学水平。最终到2050年中国基本实现现代化，争取达到或接近世界著名一流大学的水平[179]。
清华大学校史馆
2010年，清华在校庆日上宣布启动“百年校庆年”，发布校庆标识，公布校内道路命名方案，开始举办各类学术活动、社会服务、校友互动等[227]。同年7月，北京清华大学和新竹清华大学组成“两岸联合登山队”共同攀登唐古拉山脉中段的各拉丹东雪山[228]。2011年4月24日上午，“庆祝清华大学建校100周年大会”于人民大会堂召开，胡锦涛（1965届水利系校友）、吴邦国（1967届无线电电子学系校友）、温家宝、贾庆林、习近平（1979届工程化学系校友）、李克强等党和国家领导人，北京大学校长周其凤等国内大学代表，耶鲁大学校长莱文等国外大学代表，国内外知名学者代表，台湾新竹清华大学代表团，清华校友代表和师生代表，共8000多人出席大会[229]。校庆前后，胡锦涛、朱镕基（1951届校友、经管学院首任院长）先后回校考察访谈[230][231]，深圳大运会圣火采集仪式在清华举行[232]，全球130余所大学校长齐聚清华参加“2011大学校长全球峰会暨环太平洋大学联盟第15届校长年会”[233]，世界知名经济学者齐聚清华参加“国际经济学会第16届全球大会”[234]，清华校友、社会人士成立清华新百年发展基金支持清华发展[235]。
百年校庆上，中共中央总书记胡锦涛提出新的建设一流大学计划[236]，称为2011计划[237]，与985工程、211工程不同，此计划取消终身制[238]。百年校庆后，清华又接连入选一系列建设名单，2015年，习近平推出双一流建设[239][240][241]。2016年，985工程、211工程相继取消[242][243]。2017年9月21日，教育部公布双一流建设名单，清华入选为一流大学建设A类高校[244]，并同时有34个学科入选一流学科[245]。2017年12月28日，清华正式发布《“双一流”建设方案》[246]。
清华大学苏世民书院
百年校庆之后，清华在办学上也同样有所突破，2012年，中国人民银行研究生部并入成为清华大学五道口金融学院[247]，成立人文学院、社会科学学院、材料学院。[212]2013年4月，美国黑石集团董事长苏世民宣布向清华大学个人捐赠1亿美元，并筹集2亿美元创建“清华大学苏世民学者项目”[248]，2015年6月18日，清华大学与美国华盛顿大学和微软公司合作创建全球创新学院，这是中国大学第一次到美国办学，建立第一个实体校区和教育科研平台[249]，同年，成立药学院。[212]2016年成立专门培养未来的世界领导者的苏世民书院，并招收第一届学生[250]。2018年，成立人工智能研究院；与香港大学签约合办本科双学位课程，2019年，成立天文系、车辆与运载学院；与香港中文大学签约合办本科双学位课程[251]，2020年，成立清华大学万科公共卫生与健康学院、清华大学人工智能国际治理研究院、清华大学智能产业研究院。[212][252][253]2021年，成立清华大学求真书院；成立清华大学集成电路学院[212]；建立通用人工智能实验班[254]；成立清华大学北京市中医药交叉研究所[255]；成立清华大学健康中国研究院[256]；成立清华大学碳中和研究院[257]；成立清华大学-中国长江三峡集团有限公司气候变化治理机制与绿色低碳转型战略联合研究中心[258]；入选国家智能社会治理实验基地教育特色基地。[259]成立清华大学-中国电子数据治理工程联合研究院[260]。2022年，组建清华大学闻泰科技工业与车规半导体芯片联合研究中心[261]；成立为先书院[262]。
110周年大会
百年校庆之后，清华在教学上进行一些改革。2014年12月，清华大学成立本科生课程咨询委员会（简称课咨委）[263]，成为中国大陆第一个学生参与学校教学管理的学生组织。2015年7月8日正式成立的清华大学教学委员会，就在委员会章程中规定，对于涉及本科生的决议，应该通过课咨委征求学生意见[264]。2015年，进行学分绩改革，此年入学的本科生和研究生新生开始，学期成绩从百分制改为等级制[265]，在选课制度上，执行“候选队列”方案[266]，取消退课费，并延长退课时间，让选课更有弹性，降低学生压力[267]。2017年开始，清华实施大类招生与大类培养，将原本的本科专业分为16个大类，目的是打破学科界限，培养交叉复合型人才[268]。2018年起，本科生中开设“写作与沟通”必修课程，以提升学生的写作能力、沟通能力、逻辑思维和批判性思维能力[269]。成立语言教学中心，以提升学生用非母语交流的能力，并从2019年开始，第二外语成为本科生的必修课[270]。