3D时期
也许是轩辕剑叁过于成功的原因，轩辕剑肆没有得到前一代作品那样广泛的的认可和赞誉，但作为轩辕剑正传系列第一款立体的游戏(第一款立体的轩辕剑游戏为轩辕伏魔录)，对轩辕剑系列来说也有比较重要的意义。游戏的剧情紧接在《枫之舞》之后，机关术也再次回到游戏当中。轩辕剑肆选择的历史时期为秦初，有延续《枫之舞》的风韵。然而本作被批评的比较多的地方是因为第一次使用3D，导致“迷宫过大”容易使人迷路，且剧情上后半段有很明显的断层，使得前后剧情不太容易接起来。不过作为轩辕剑正传的第一款立体的游戏，DOMO小组也有意进行了一些尝试，如诙谐的对白、搞笑的法宝和玩家能“搭建房屋生产”的天书，加上第一次使用女性作为第一主角，以及主角有机会“操控机关坐骑”战斗，成为了系列一大突破；虽然后半剧情过急但剧情的深度也没有因而减淡。
从轩辕剑肆开始，轩辕剑开始制作精美的CG作为新的特色，多魔映画(DOMO Movie)这个名字也开始进入大家的视野。
在轩辕剑肆后发布的《苍之涛》成为了轩辕剑系列中又一部经典，气势极为磅礴，和提供的不同历史视角观点，是这一款轩辕剑的特色。游戏的结局也被评为“最具历史深度”的结局。吸取上一部的教训，《苍之涛》中虽然也使用了两个女性主角，但性格都刻画得较为成功、鲜活。剧情的历史深度使这款游戏广受赞誉，并且获得台湾与中国大陆相当多的游戏大奖肯定。
轩辕剑伍首次摆脱历史的包袱，游戏背景为“山海界”，新的队伍系列令参与战斗的伙伴成为历代最多，包含主角有十五位角色能参与战斗，然而却被批评主角群以外伙伴剧情薄弱，战斗实用性低等等。但山海界各种族的城镇及人物设计，以及后段剧情和隐藏结局则备受赞赏。后来推出外传《汉之云》，以三国时代为背景，游戏颠覆了诸葛亮传统认知的形象被视为一大破格，主角感情线的最后结局亦受到玩家讨论。及后伍代再推出另一外传《云之遥》，令“轩辕剑伍、汉之云、云之遥”成为“伍代的三部曲”，《云之遥》的时间线为伍代的“三部曲之首”，以与《汉之云》截然不同的视点描述三国时代，不少系统例如战斗系列出作了改良。而由于游戏资金问题，整个游戏拆分为几篇，当中本篇普遍被认为剧情太短，不少谜团未解开，但伙伴支线剧情非常丰富；后来“兰茵篇”推出后好评如潮，不但剧情紧凑感人，亦串连起前几代的剧情，解开了本篇的谜团；至于另外的“五丈原篇”分为“暮云篇及朝云篇”让玩家以不同视点经历五年后故事。
然而，轩辕剑系列其实在进入第五代后，碰上更多问题：盗版的猖獗、玩家群大量转向线上游戏，因而单机版轩辕剑的“卖量一直不高”，外加轩辕剑在五代尝试的转型不被一些从以前一路玩下来的玩家接受，导致轩辕剑作为“卖点的剧情”不仅逐渐变的越来越艰深，且也不太能吸引新玩家群，外加轩辕剑的制作人力到云之遥时越来越吃紧[7]，终于导致轩辕剑单机系列在外传云之遥推出后“暂时”停止后续单机新作的开发。然而2011末，开始有轩辕剑陆的消息传出，称已经立项。2012年1月4日，蔡明宏在微博上称时代背景为商周；[8][9]轩辕剑系列终于又再重新出发。
轩辕剑陆于2013年推出后,其外传《穹之扉》亦于2015春季于两岸推出。
2017年4月25日，大宇资讯通过其官方微博官方宣布，已与Epic Games展开合作，取得《轩辕剑》系列新作游戏引擎之开发授权，将采用虚幻4作为游戏引擎。轩辕剑系列单机续作的开发由此进入一个新的阶段。9月5日，轩辕剑官方微博宣布系列最新续作《轩辕剑柒》正式立项。2020年10月29日于steam及PS4上推出，但口碑、销量皆不佳，大宇官方承认近几年来惨赔上亿。
2024年5月14日，大宇资讯透露其有意出售《仙剑奇侠传》以及《轩辕剑》IP版权，5月24日“轩辕剑之父”蔡明宏宣布离职。
2024年9月11日，大宇资讯宣布《轩辕剑》全球 IP 拟转让予欢动（香港）科技有限公司，交易金额为美金 1,045 万元，合新台币约 3 亿馀元。[10]